纯手工雪茄是一种纯天然的农产品，因此会不可幸免地受到虫蚁的侵害。侵害雪茄的虫类被称为雪茄虫，又称烟草甲虫，它不是一种固定的虫害，所有以雪茄烟叶为食物的虫类都可以称作雪茄虫。
对于雪茄来说，雪茄虫的入侵是“致命的”，它们蛀蚀雪茄，在茄体上形成孔洞，轻则影响雪茄美观，重则导致雪茄千疮百孔以至于被毁。如果是雌性雪茄虫还会在雪茄中产卵，产生更多的雪茄虫，循环往复。
如果你的雪茄表面出现针孔大小的洞，把雪茄开口的一端在白纸上轻嗑几下，有黑色的、细沙状的粉末掉出（雪茄虫的排泄物），或者把茄体表面的孔洞朝下在纸上轻嗑，也会有黑色的、细沙状的粉末掉出，那么就表面这支雪茄已经被虫蛀了。
感染雪茄虫的原因大致有高温高湿、储存不当、出厂感染等，当雪茄出现雪茄虫后，可采用以下措施进行补救：
把虫蛀和未虫蛀的雪茄分开装入食品密封袋内，并放入冰箱冷藏层冷藏6-12小时，然后再移至冰箱的冷冻层内进行3天左右冰冻，最后再次放入冷藏层经过6-12小时后取出雪茄，雪茄虫就在低温环境下被杀死了。（将雪茄从冷藏移到冷冻，再从冷冻移到冷藏，是为了让雪茄在温度上有个过渡，避免温度变化过大引起茄衣爆裂。）
经过以上杀虫处理的雪茄，还要定期进行检查，防止虫蛀现象再次出现。如虫蛀现象太过严重，则建议尽快丢弃，不再吸食。同时把可挽救的雪茄隔离，并仔细检查其他雪茄是否受虫蛀。
另外，有研究表明，雪松木因其特有的半树脂汁可以在雪茄养护过程中保护雪茄免受真菌，虫蚁的侵害。因此，建议雪茄客尽量选择雪松木制作的雪茄盒（柜）。
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